Денис, на твои вопросы не могу корректно ответить, так как сам я только ездюк, но никак не механик. Посторонние звуки появились где-то на 60к км.
По вашему описанию шестерни тоже похожи.
Вообще в любом случае начнем осмотр с корзины сцепления, а дальше по нарастающей.
Еще косвенным признаком износа подшипников вторичного вала может являться износ сальника на этом самом валу, а его у меня в этом сезоне измахратило знатно, перед Крымом пришлось менять.